Eu não sei como o Adobe Reader 9.4.6 se comporta, mas no atual Acrobat Reader X (10.1.4 no meu caso) existe uma opção exatamente para este caso:
(estou traduzindo de uma versão localizada, portanto, os nomes dos menus podem ser diferentes)
Menu - > "Janela" (o próximo a Ajuda) - > "Nova janela"
E voila, você tem várias janelas com o mesmo documento. As janelas podem ser distinguidas pelo número atrás do nome do arquivo, por exemplo. filename.pdf: 1, filename.pdf: 2, ... filename.pdf: n