Eu não posso testar isso antes, mas
sudo rm /usr/share/gdm/autostart/LoginWindow/libcanberra-ready-sound.desktop /usr/share/gnome/autostart/libcanberra-login-sound.desktop /usr/share/gnome/shutdown/libcanberra-logout-sound.sh
deve desativar todos os sons de inicialização, desligamento, login e logout em todo o sistema.
Uma abordagem menos invasiva seria editar os arquivos mencionados anteriormente, mas um #
antes das linhas que contêm canberra-gtk-play
. Isso os marcaria como comentários, fazendo com que o sistema os desconsiderasse. Isso também "protege" você contra o sistema, substituindo os arquivos ausentes durante uma atualização ou similar.