Isso pode não ser uma opção para todos, mas aqui está o que finalmente funcionou para mim. Como eu sabia que pastas recém-criadas teriam o menu de contexto correto, eu apenas renomeia o repositório "ruim" (só por segurança), então criei um novo clone do repositório remoto, que por padrão cria uma nova pasta. Quando soube que o novo repositório estava funcionando, apaguei a pasta antiga.