Pode afetar a velocidade total da conexão USB, pois há mais dois pontos de conexão para o cabo. Esses pontos introduzirão ruído em conexão e alguns dados precisarão ser retransmitidos.
No entanto, o USB é bastante resiliente e, embora você possa ver alguma queda na velocidade (e aumento de latência ocasional), ele será dificilmente detectável. Você precisaria de um dispositivo que usasse o USB no máximo para perceber o cabo de extensão de 50 cm.
Teclas, cliques do mouse e até mesmo discos rígidos não causarão queda significativa no desempenho.
A coisa que pode lhe causar mais preocupações é a queda de voltagem nesse comprimento. Alguns dispositivos que consomem muita energia (discos rígidos) podem não obter suco suficiente se o comprimento total do fio ficar muito longo. Claro, isso também depende da qualidade do cabo.