Passei algumas horas experimentando isso e descobri que:
1) O comando pdfsig
do pacote poppler-utils é capaz de validar a assinatura do PDF. O uso é simples:
pdfsig signed.pdf
Mas para mim funciona apenas para assinaturas visíveis (versão 0.62.0 no Fedora 28). Para assinaturas invisíveis, mostra:
File 'signed.pdf' does not contain any signatures
2) O Master PDF Editor é uma ferramenta GUI que mostra e valida assinaturas como mostrado na foto abaixo e é o suficiente para ter a versão free .
3) O LibreOffice Draw é capaz de mostrar e validar assinaturas usando Arquivo - > Assinaturas eletrônicas - > Assinaturas eletrônicas . Mas no meu caso, mais uma vez mostra apenas assinaturas visíveis.