Você precisa atualizar a extensão .py no editor do registro. Procure a extensão ".py" e observe o que a chave (Padrão) aponta também. Provavelmente está em:
HKEY_CLASSES_ROOT/.py/(Default)
O "Data" desta chave é provavelmente "Python.File" (veja a imagem abaixo).
Useissotambémparaprocurarumasegundachave:
HKEY_CLASSES_ROOT/<previous_keys_data>/shell/open/command/@defaulte.g.HKEY_CLASSES_ROOT/Python.File/shell/open/command/@default
Achave(Padrão)contémocaminhoparaointerpretadorPythonqueseráusado.Atualize-oconformenecessárioparaapontarparaoquevocêdesejausar.(vejascreenshot)
Antecedentes
O interpretador Python escolhido na linha de comando usa apenas a variável de ambiente PATH se você realmente especificar o executável python. ou seja,
python myProgram.py
Sem realmente incluir "python", o shell de comando tentará encontrar um programa para abrir arquivos .py (a primeira chave acima).
Em seguida, ele usará essa chave para encontrar um programa apropriado (a segunda chave).
Como disse @efotinis, você pode determinar o intérprete sendo usado usando o programa simples:
import sys
print sys.executable
Tente executar isso com os dois itens a seguir para ver a diferença entre usar o PATH para encontrar o executável especificado e usar o interpretador de comandos para encontrar um programa para abrir o arquivo .py especificado.
python myProgram.py
myProgram.py