Acredito que a maneira como a hibernação funciona é que ela congela tudo o que está acontecendo no momento (todas as operações são discretas, portanto há um ponto de parada) e depois grava o que estiver na RAM no disco rígido.
Na restauração, apenas inverte esse processo.
Os momentos em que a corrupção pode ocorrer ou os programas podem travar é se eles dependem do tempo (ou de um pequeno número de outras coisas, mas essas são bem menos comuns). Se algo espera que uma tarefa tenha sido feita no minuto anterior, e olhe para trás e veja o que foi escrito 2 horas atrás, isso poderia causar um problema (dependendo do programa). Outro tipo comum de problema é se a sua máquina estava usando a rede, que será desligada enquanto o computador estiver em hibernação, assim como todos os outros periféricos.
Se a sua máquina já entrou em hibernação, não há nada que você possa fazer para consertá-la. Você só precisa garantir que a hibernação não ocorra para começar.