O arquivo /etc/apache2/httpd.conf é apenas um link simbólico apontando para o arquivo /private/etc/apache2/httpd.conf (portanto, seu conteúdo deve ser idêntico).
O / opt / local / apache2 provavelmente foi carregado por você quando você instalou o macports.
Uma maneira relativamente fácil de ver qual deles está sendo usada é verificar os últimos tempos de acesso dos arquivos:
ls -lutrd /opt/local/apache2/conf/httpd.conf /private/etc/apache2/httpd.conf
Verifique os carimbos de hora para ver qual deles foi usado pela última vez. Se você abriu / olhou para os arquivos, então isso poderia mudar a data, então nesse caso você poderia reinicializar sua máquina e então verificar a data / hora de acesso desses arquivos.