Não estou no trabalho, portanto, não tenho nenhum hardware à minha frente, mas a nota sobre o aplicativo FTDI AN_107 - Opções avançadas de driver parece ter algumas opções promissoras.
Em particular, acho que a opção "Ignorar o número de série do hardware" (seção 7.1, página 20) faria o que você deseja.
7.1 Ignore Hardware Serial Number
If devices have the same vendor ID and product ID but different serial numbers, the system will normally treat them as different devices. This causes the drivers to be installed for each device and create registry entries for each device.
It is possible to override this behaviour to make the system ignore a device's serial number and treat all devices with matching VID and PID connected to the same USB port as if they were the same device. This is achieved by adding a REG_BINARY value called IgnoreHWSerNum to the registry and setting it to 01.
As AN_123 Como as portas COM são alocadas na instalação do driver nota do aplicativo também é muito informativa.
OT, os dispositivos atuais estão ficando tão complexos que a maior parte da documentação está sendo removida da planilha de dados e nas notas do aplicativo. Não se esqueça de ler sempre as notas da aplicação!