Em primeiro lugar, gostaria de anotar que apenas especulações podem ser feitas com base na sua pergunta um pouco vaga.
No primeiro palpite, tal problema seria atribuído ao fato de que um leitor de cartão SD interno é apenas outro dispositivo; para você, esse dispositivo pode parecer parte integrante do sistema, mas apenas no sentido de que é uma parte do case / torre / notebook.
O link de dados entre a placa-mãe e o leitor de cartão SD atual pode ser o culpado, mas também o próprio leitor de cartão SD. Isso significa que, se o link de dados for mais lento que o link de dados entre o dispositivo USB, você terá um desempenho mais lento. Outros fatores podem depender de recursos como o cache de gravação, mas esses elementos normalmente seriam ignorados pelo software de benchmarking.