Em geral, apenas copiar arquivos diretamente para uma chave usb não fará com que ele seja inicializado.
A maneira mais fácil de ter certeza de que o usb é inicializável é usar um aplicativo como UNetbootin .
No seu caso, certifique-se de que as alterações que você fizer (no seu caso, ks.cfg) sejam atualizadas dentro da iso e faça o aplicativo aplicar o iso ao usb.