As informações armazenadas nos fluxos de arquivos reais serão perdidas. ( Fluxos do sysinternals.com é um utilitário que permite visualizar fluxos e, opcionalmente, excluí-los.) Os tipos de arquivos que acredito que você está falando (fotos, vídeos, etc.) armazenam seus metadados como parte do arquivo, não em fluxos, portanto, seria seguro movê-los entre diferentes sistemas de arquivos. Um teste simples para determinar se os dados serão perdidos é gravá-los em um CD usando o Windows, ao contrário de outro software. Você não tem que realmente gravar o CD, basta arrastar o arquivo (s) em questão para o CD Drive em "Meu Computador" ou "Computador". Se houver fluxos presentes, o Windows avisará que você pode perder alguns dados copiando-os para o CD.
Eu acredito que, na prática, os fluxos raramente são usados. O Internet Explorer usa um fluxo para marcar arquivos que vieram da Internet quando você faz o download. Se você clicar com o botão direito do mouse em um arquivo baixado e escolher "Propriedades", notará um botão que diz "Desbloquear". Este botão é acionado pela presença de um fluxo chamado ": Zone.Identifier: $ DATA". Clicar no botão "Desbloquear" exclui o fluxo. O fluxo conterá algo como:
[ZoneTransfer]
ZoneId=3
Você pode visualizar o conteúdo do fluxo usando algo como:
more < "somefile.zip:Zone.Identifier:$DATA"