Ao ativar a opção "Permitir várias instâncias", você deve conseguir abrir uma outra instância do programa Foxit. Então você pode abrir o outro arquivo nessa instância. Essa é a única maneira de ver dois arquivos lado a lado.
- Clique em Editar - > Preferências - > Documentos - > Permitir várias instâncias
- Abra o primeiro PDF no Foxit
- Abra o segundo PDF em outra instância do Foxit