A resposta foi como Michal Politowski disse nos comentários. O diretório inicial criptografado continha a pasta .ssh, por isso não era acessível ao comando ssh até que eu fiz logon localmente e descriptografei a pasta. A solução foi criar / home / ssh /% user% / e colocar o arquivo authorized_keys lá, então direcionar o ssh para procurar lá via sshd_config. Veja os comentários para o link para a página web útil.