Acho que sudo -s
não é "melhor", é apenas diferente.
sudo -s
mantém seu diretório $ HOME, então quando você inicia programas, eles usam seus arquivos de configuração (e não os de root) etc. Desvantagem: eles também podem alterar a propriedade de seus arquivos no diretório $ HOME, exemplo típico é o .Xauthority
file, mas nunca experimentei um problema com isso.
sudo su
ou sudo -i
os programas usarão o diretório pessoal da raiz e seus arquivos de configuração. Isso pode ser mais intuitivo, mas também significa que ele não usará qualquer configuração que você tenha configurado (aliases, bash history, ...).