Versão 2 (passando por xargs )
Depois de pesquisar na página man de find ( ver por exemplo aqui ), encontrei uma solução que usa a opção print0 e xargs para enviar os nomes dos diretórios para rm :
$ find . -type d -name '.wdmc' -print0 | xargs -0 rm -rf
Isso também deve funcionar para nomes de diretório contendo espaços ou outros caracteres não-ASCII.
Versão 1 (funciona apenas para diretórios vazios .wdmc)
Como alternativa, você pode usar a opção -delete de find :
$ find . -type d -name '.wdmc' -delete