Bem, eu diria que, se o aplicativo estiver intimamente ligado ao GNOME (ou qualquer uma das bibliotecas relacionadas ao GNOME), ele usará as configurações de proxy do GNOME.
Se é algo relacionado ao gerenciamento de pacotes, ele irá procurar no apt.conf
E, finalmente, se for um utilitário CLI, as variáveis bash ou um arquivo de configuração.
É útil verificar a documentação / manpage do aplicativo para saber onde ele procura as configurações.