Geralmente, esse tipo de problema é causado por um mau comportamento de xrandr ou por uma configuração incorreta de X ou por uma configuração incorreta dos scripts locais, como os scripts que você ocultou na sua pasta pessoal ~ .
Tente investigar xrandr , eu sei que esta provavelmente não é uma resposta completa, mas não espere resolver problemas como este com uma dica ou um truque em uma linha de código, especialmente com drivers como os da Intel que não são tão famosos por seu desempenho e confiabilidade.
O que posso dizer é que, se o seu X estiver instalado corretamente, sua própria configuração será gerenciada principalmente por xrandr e, após o xrandr, os arquivos estarão em /etc/ e os scripts locais na sua pasta pessoal.