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Vá para Opções - > Avançado - > Editor de configuração.
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Encontre o nome
mail . pop3 . deleteFromServerOnMove
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Defina como True.
True: Delete the copy of the message on the POP3 server if you move or delete the message.
False(default): Only delete the copy of the message on the POP3 server if you delete the message.
É isso aí, reinicie o Thunderbird. Você precisa pressionar "Get Mail" toda vez que quiser sincronizar com o servidor de e-mail, para garantir que as mensagens no aplicativo estejam sincronizadas com o servidor de e-mail.
O seguinte deve ser enfatizado para realizar a sincronização com o servidor. Você não verá a mensagem do servidor desaparecer no download inicial do Get Mail (novas mensagens baixadas). Depois de processar sua caixa de entrada no Thunderbird, excluindo / movendo uma nova mensagem, faça outro Get Mail, que excluirá as novas mensagens baixadas anteriormente no servidor (colocar em sincronia).
Observação: Se você tiver mensagens antigas na sua Caixa de entrada do Thunderbird, elas não serão excluídas do servidor. Exclua-os manualmente do servidor. A partir de então, todas as novas mensagens que você baixar, processar (excluir / mover) e, em seguida, fazer a sincronização, fazendo com que o recurso Obter e-mail seja novamente excluído.