Sim, e muito trivialmente. Muitos ISPs realmente executam sua conexão através de um proxy transparente - isso permite que eles façam coisas como filtragem simples (a nossa usa isso para uma lista de bloqueio limitada) e cache. Isso também permite, em certa medida, alterar o conteúdo dos sites.
Em uma escala limitada - um exemplo seria aqui , onde eles transformam sites de ponta para baixo ou até mesmo borrá-los.
Na verdade, a história em quadrinhos XKCD que o artigo faz referência
está perto do que está acontecendo - seu ISP está modificando seu conteúdo.
Quanto a contornar isso, eu suspeito que um pouco de pesquisa e um inteligente script adblock deve fazer o truque.