Na barra de menus, clique em Visualizar e marque Árvore de diretórios remota (alternativamente, pressione Alt + V , E ).
Vá para a pasta de origem em que a subpasta que você deseja mover é, vá para a pasta de destino e volte para a pasta de origem.
A pasta de destino ainda deve estar visível na árvore de diretórios, para que você possa simplesmente arrastar a pasta que deseja mover e soltá-la na pasta de destino.