A maneira padrão de usar o ffmpeg para GIFs é
Gere uma paleta do vídeo
ffmpeg -y -i file.mp4 -vf palettegen palette.png
Então,
ffmpeg -y -i file.mp4 -i palette.png -filter_complex paletteuse -r 10 -s 320x480 file.gif
Mais opções documentadas aqui .