O problema é que descobrir quais bytes foram alterados envolverá ler os dois dispositivos e comparar cada byte. Também não parece muito rápido assim.
Se você está pronto para desistir de 'fazer o backup de todo o disco rígido' e fazer o backup no nível do sistema de arquivos:
1. rsync
2. rdiff-backup
AFAIK, esses programas usam alguns atributos como tempo de modificação e tamanho que estão disponíveis no nível de FS. Então eles devem acelerar muito as coisas (especialmente se a maioria dos seus arquivos não mudar)