A resposta simples é não. A resposta longa é ...
O NTFS armazena nomes de arquivos de uma maneira sensível a maiúsculas e minúsculas (o NTFS pode ter README.txt e readme.txt no mesmo diretório) e até mesmo o gerenciador de arquivos do Windows pode gerenciar internamente solicitações com distinção entre maiúsculas e minúsculas pelos nomes de arquivos NtOpenFile / NtCreateFile .
Infelizmente para você, a função Win32 CreateFile (usada em todos os lugares, inclusive por fopen) chamará internamente NtCreateFile usando o sinalizador OBJ_CASE_INSENSITIVE, o que significa que todos os aplicativos que usam CreateFile verão o sistema de arquivos que faz distinção entre maiúsculas e minúsculas sem distinção entre maiúsculas e minúsculas. Na prática, isso significa que todos os aplicativos verão seu sistema de arquivos sem distinção entre maiúsculas e minúsculas, independentemente de seu sistema de arquivos ser realmente sensível a maiúsculas e minúsculas.
A única maneira que posso pensar para você praticamente forçar a diferenciação de maiúsculas e minúsculas é escrever um driver de filtro que removerá o sinalizador OBJ_CASE_INSENSITIVE das solicitações de syscall recebidas que permitirão NTFS, EXT2 ou qualquer sistema de arquivos interno que você tiver que se comportar em sua maneira padrão, sensível a maiúsculas e minúsculas.