Eu não acho que você vai encontrar uma ferramenta que faz a fusão automática entre um documento do Word e um documento LaTeX.
Para destacar, pelo menos, as diferenças entre as duas versões, você pode usar dois filtros que cortam a formatação nas duas versões e, em seguida, usar a ferramenta diff para comparar o conteúdo (ou seja, os arquivos de texto simples resultantes). Então você pode fazer a fusão à mão.
No * nix, é tão simples assim:
antiword cv.doc > cv-doc.txt
detex cv.tex > cv-tex.txt
diff -u cv-tex.txt cv-doc.txt
(desde que você tenha o pacote antiword e detex, o que geralmente vem com sua distribuição de tex)
Se você quiser cores no diff, experimente esta postagem .