Suponho que o motivo seja que seja mais difícil sincronizar arquivos em dispositivos removíveis. Como o Ubuntu One deve reagir quando você desconecta o dispositivo? Se você remover um arquivo, o Ubuntu One irá excluí-lo de todos os seus dispositivos e do seu armazenamento online. Isso pode ser superado para dispositivos removíveis, é claro, mas é um caso especial e não acho que tenha alta prioridade.
Eu não sei como o Ubuntu One decide não sincronizar arquivos fora do seu diretório pessoal. Pode ser possível montar a partição em sua casa. Mas também é possível que, se você desmontá-lo, o Ubuntu One apague esses arquivos dos dispositivos sincronizados. Portanto, seja cauteloso se você tentar isso.