Você pode marcar a pasta que deseja pesquisar usando o Nautilus. Basta abrir o Nautilus, selecione sua pasta e pressione Ctrl + D ou vá para Favoritos > Adicione um marcador no menu. Ele deve então aparecer em Pastas Favoritas junto com os padrões na pesquisa de arquivos do Unity, e os arquivos dentro dele também devem se tornar pesquisáveis.