Toda vez que observei esse comportamento, a resolução foi redimensionada de forma que um ícone da área de trabalho precise ser movido. Curiosamente, um PC com Windows que eu uso (d) lembraria os locais dos ícones para cada resolução e eles "voltariam" quando eu mudasse para a outra resolução.
Eu recebo muito isso porque eu uso o ssvnc para o desktop remoto do computador de quickbooks que temos. Ele tem um pequeno hdtv como seu monitor, que se desliga rapidamente ... então com bastante frequência, eu vou logar nele, obter 800x600 ou algum tamanho estranho e clicar com o botão direito na área de trabalho para obter o 1632x1200 - qualquer tamanho adequado para quando o monitor está ligado.
Se as duas telas forem maiores do que a sua área de trabalho, talvez você esteja indo para a área de trabalho "não" e o Windows pense que deseja um dos tamanhos padrão da vga e embaralhe os ícones de acordo.