Também estou bastante interessado em saber a resposta para isso. Eu estive procurando por um aplicativo ou algum script que eu possa usar como o 'navegador padrão' que intercepta links e, em seguida, me pergunta o que fazer (abrir com o navegador A, B ou C, executar aplicativo personalizado, etc). Isso seria tão incrível.
De acordo com este artigo, o link
When you select Make this the default browser in Internet Explorer and in later versions of Netscape, the browser registers itself into all of the following keys to make itself the default browser (among other entries that are written).
HKEY_CLASSES_ROOT.htm HKEY_CLASSES_ROOT.html HKEY_CLASSES_ROOT\http\shell\open\command HKEY_CLASSES_ROOT\http\shell\open\ddeexec\Application HKEY_CLASSES_ROOT\ftp\shell\open\command HKEY_CLASSES_ROOT\ftp\shell\open\ddeexec\Application HKEY_CLASSES_ROOT\gopher\shell\open\command HKEY_CLASSES_ROOT\gopher\shell\open\ddeexec\Application
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Eu já encontrei essa ferramenta incrível para o Windows: link