Acho que o arquivo .sqlite pode estar corrompido ou, pelo menos, incompatível.
Sugiro que você faça o backup e exclua-o. O Firefox deve recriá-lo na inicialização. Se depois disso as alterações forem salvas entre as sessões, minha suspeita será confirmada.
Se essa for a causa, tente encontrar uma maneira de limpar ou reconstruir o arquivo ou apenas sugá-lo e reinsira suas configurações.