Como o comentário diz, o ftp não permite isso. Você provavelmente quer realmente o 'baixar tudo, substituir, fazer o upload de volta'.
O melhor que posso pensar é um editor que entende ftp. Nos bastidores, ele está baixando o arquivo, editando-o localmente e, em seguida, fazendo o upload, mas talvez esse 'ftp de fundo invisível' seja o que você deseja. Eu não sei se há vários arquivos embora. Existem programas individuais que podem fazer isso, e acho que qualquer editor verdadeiro do KDE (por exemplo, kate) pode fazer isso através do KIOSlaves.