Minha resposta não está relacionada ao Excel 2003, mas para ajudar aqueles que chegam a esta página perguntando sobre a ordem Z dos eixos no Excel 2007 +.
Pelo que eu posso ver, o eixo secundário estará SEMPRE na parte superior do eixo primário se a série de dados estiver sobreposta. O truque, então, é colocar todas as séries que você quiser no topo do eixo secundário. E vice-versa com a série do eixo primário. Mas e se você quiser mostrar os rótulos de escala do eixo secundário ao longo do lado esquerdo do gráfico, onde geralmente está o eixo Primário? Você pode fazer isso clicando com o botão direito do mouse em um eixo e alterando essa configuração:
"Baixo" fará com que o eixo salte para o outro lado do gráfico. Se você definir o eixo primário como "Alto" e o eixo secundário como "Baixo", os eixos efetivamente trocarão de lado.
Espero que isso ajude alguém. Sinta-se à vontade para editar esta resposta para melhorá-la.