Vou tentar responder às suas perguntas, sem ir em direções loucas.
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Eles são significativamente diferentes, apesar de serem ambos bibliotecas de widgets. GTK + regular é baseado em C e QT em C ++. Embora existam ligações para quase todas as linguagens de programação.
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Você está bastante correto sobre o GTK2, embora haja tantos aplicativos GTK2. Espero que o GTK2 esteja em uso por um tempo, assim como o GTK1. Quando o push chega ao fim, o GTK2 é obsoleto e, se você estiver iniciando, vá para o GTK3.
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O Remeber GTK e o QT são apenas kits de ferramentas de widgets. Por exemplo ... aplicações Gnome, use o GTK e também o Gnome-Libs. Se você quiser, dê uma olhada no vala. Ele é considerado simples, o vala compila a origem diretamente para o C e possui ligações completas para muitas linguagens de programação. Você também pode querer olhar para Anjuta, apenas certifique-se de ter as novas versões gtk3. Aparentemente, o estreito PyGTK só suporta GTK2, a última vez que verifiquei. Se você está procurando evitar todas as libs do Linux DE, eu sugiro olhar para o QT. O QT simples é diferente dos aplicativos do KDE, que incluem as bibliotecas do KDE. QT é considerado muito multi-plataforma, o que é legal se você quiser compilar para non * nix. Se você quiser começar com o QT + Python, veja PySide (LGPL) ou PyQT (GPL). O QT tem alguns bons construtores de GUI, como o qt creator e o qt-designer.