Você precisa abrir no VLC o arquivo cue que veio com o flac, ao invés do arquivo flac.
Se estiver faltando, isso pode ser um dos motivos pelos quais o VLC está tendo problemas para detectar os multi-tracks.
Se o VLC ainda não funcionar mesmo quando o arquivo de sugestão estiver aberto, veja:
Dividir áudio sem perdas ( ape, flac, wv, wav) por cue no Ubuntu
Divida os arquivos APE e FLAC no Ubuntu e adicione tags pelo arquivo Cue