De acordo com para este site , os arquivos de texto (ou seja, arquivos de código-fonte) devem sempre terminar em uma nova linha. Mas o Xcode (pelo menos na versão 7.1) tem como padrão não ter nenhuma nova linha no final de um arquivo, a menos que você explicitamente o coloque lá.
Existem preferências para retirar espaços em branco à direita e definir os términos de linha padrão (todos em "Xcode - > Preferências - > Edição de texto"), mas não consigo encontrar uma maneira de adicionar automaticamente uma nova linha no final de cada arquivo. Isso pode ser feito no Xcode?
Embora essa resposta seja escrita quase um ano depois da pergunta, eu a postarei para fins de referência.
O Xcode 8 (como está escrito em versão beta) anexa automaticamente uma nova linha a cada arquivo de texto salvo se ele não terminar com um. Isso inclui arquivos que não são de origem (Markdown…). Não parece haver uma opção para desativar esse comportamento.