Sua mensagem de log parece estar mal relacionada ao problema.
O comando para reiniciar o servidor de janelas é o seguinte, com HUP
sendo um sinal especial. É mais ou menos equivalente a sair do ambiente gráfico. Tenha em atenção que todas as aplicações são encerradas imediatamente.
sudo killall -HUP WindowServer
Claro, isso só irá curar os sintomas, não a causa real do problema. Eu sugiro continuar investigando logs de algum tipo, ou tentando com outro perfil de usuário para ver se o problema persistir (se não, então simplesmente migre seu perfil para o novo).