Não consigo encontrar as palavras-chave ( ignoreChanged e autoReloadChanged ) mencionadas na documentação atual do Sublime Text 3, então provavelmente elas são da versão 2 ou até mais antigas.
A parte relevante das configurações padrão é IMHO:
// Always prompt before reloading a file, even if the file hasn't been
// modified. The default behavior is to automatically reload a file if it
// hasn't been edited. If a file has unsaved changes, a prompt will always
// be shown.
"always_prompt_for_file_reload": false,
Como você pode ver, isto está desabilitado por padrão, mas talvez em algum lugar na sua configuração (packages (?)) ele seja ativado. Portanto, tente definir always_prompt_for_file_reload para false . Em seguida, o Sublime Text recarregará silenciosamente um arquivo se detectar qualquer alteração nele.
E observe o comentário sobre arquivos não salvos. Eu uso a seguinte configuração, pois acho que é bastante útil, especialmente se você usar foco seguir mouse no seu sistema operacional, mas isso pode depender de suas preferências pessoais:
// Set to true to automatically save files when switching to a different file
// or application
"save_on_focus_lost": false,