Para tal quantidade de e-mails não muito é uma escolha óbvia. Você pode tentar usar um monte como front-end.
Eu tenho um Maildir, cujas subpastas contêm cerca de um milhão de e-mails. Mutt é tão lento nisso. Alguma melhor escolha?
PS: Uma ferramenta de desduplicação de email contida é melhor. Os scripts normais mantêm o índice na memória que acaba sendo morto.
Eu recomendo o Thunderbird.
Procure por ele no Dash. Está pré-instalado.
Faça login no seu servidor.
E lá vai você! Seus e-mails!
Espero que isso ajude !!!