As diferenças internas, excluindo os sistemas de pacotes e GUI, são poucas e não são tão relevantes para o que você está pedindo.
A única coisa relevante para seus programas em C ++ é a versão do kernel e / ou a versão das bibliotecas com as quais seu programa está vinculado, que dependem da distribuição escolhida, mas você pode sempre substituí-las fazendo o download e compilando as fontes (se os pacotes pré-criados não estiverem disponíveis).
A diferença de desempenho será, presumindo que você esteja na mesma máquina e mesmo com bibliotecas diferentes , quase indetectável, excluindo ruído estatístico (se a distribuição for baseada em GUI, por exemplo, então O trabalho relacionado à GUI pode intercalar aleatoriamente com o seu programa C ++ fazendo com que ele faça um benchmark ruim, ocasionalmente - sim, mesmo em máquinas multicore). Se você está objetivando o desempenho e a previsibilidade (baixa variação no tempo de execução), evite distros baseados em GUI e interrompa qualquer serviço que ocasionalmente possa realizar algum trabalho que intercale com seu programa (por exemplo, rede).