Provavelmente você não conseguiu "executar" o gerenciador de inicialização. Quando você quiser que qualquer configuração de inicialização seja armazenada no MasterBootRecord (MBR) do disco rígido, você terá que executar o gerenciador de inicialização, normalmente para o IsoLinux / Grub, isso é feito no shell do Linux. O bootloader interpreta o arquivo de configuração que o acompanha e escreve código no MBR.
Você pode usar o SysRescueCD no CD / LiveUSB para inicializar em um shell do Linux a partir do CD / USB e, em seguida, executar o Grub ou o syslinux a partir do shell do Linux.
Se isso não for uma opção e você quiser fazê-lo no Windows, migre para GRUB4DOS como uma forma de executar o Grub no Windows ou instruções aqui para SysLinux no Windows (extraia o zip, execute o syslinux a partir da linha de comando do DOS, eu acho?).
Observe que o arquivo syslinux.cfg está relacionado ao IsoLinux e menu.lst está relacionado ao Grub. Você só precisa de um dos dois. Qual deles, é uma questão de escolha pessoal e conveniência.
Por favor, note que o isolinux serve para inicializar a partir de um sistema de arquivos ISO (CD Rom). No entanto, se bem entendi, você copiou os arquivos para a partição do Windows, provavelmente FAT. Para inicializar a partir do FAT, você precisa do syslinux (em vez de isolinux). Para fazer isso, a única coisa que você precisa fazer é renomear o arquivo 'isolinux.cfg' para 'syslinux.cfg' e o diretório "isolinux" para "syslinux".