Eu sei que isso provavelmente não é o que você quer ouvir, mas pelo que posso dizer, não há conserto para isso, apenas um monte de problemas no Thinkpad & Usuários do VMWare:
Acho que o problema é que a janela do VM Ware está capturando o evento do mouse e não fazendo nada com ele. Uma possível solução pode ser se houver um driver para o trackpoint que você possa baixar e instalar, você poderá fazê-lo funcionar no sistema operacional convidado.