Para responder à sua pergunta sem rodeios ... Não, não há diferença, eles são todos iguais, e não há motivo para preocupação aqui.
O NTFS como um sistema de arquivos não mudou em 15 anos, desde que a v3.1 foi introduzida em 2001 com o Windows XP.
Although subsequent versions of Windows added new file system-related features, they did not change NTFS itself.
NTFS-3G, Gparted e outros utilitários todos aderem a esse padrão, a menos que você tenha uma instalação antiga do Linux antes de 2001, você não tem motivo para preocupação. Embora a versão do sistema de arquivos não seja uma lista específica do NTFS-3G, uma olhada em seus recursos se alinha claramente com versão v3.1.