Você pode chamar seu administrador apenas uma vez, para que ele configure seu arquivo de lote para iniciar automaticamente após a inicialização com permissões de administrador.
Isso é feito agendando a execução do arquivo de lote. Para instruções completas, consulte este artigo:
Faça o Vista lançar programas restritos ao UAC na inicialização com o Agendador de Tarefas
Quando isso estiver configurado, você poderá modificar futuramente o arquivo em lotes e a nova versão será executado na próxima inicialização.