Pode ser seus gráficos ou pode ser a própria unidade. Efetue logout e clique no ícone do ubuntu pequeno na tela de login, uma vez lá selecione unidade 2D e faça o login normalmente. Eu acho que a unidade 3D desacelera muito o meu sistema, então fique com o 2D
Se o problema persistir, tente reinstalar os drivers gráficos. Eu tenho um chip NVIDIA, portanto, não estou 100% com drivers da ATI.