Você tem "teclas de mídia" no teclado?
O bloqueio deve impedir a atividade do teclado, e com certeza funciona para as teclas normais. No entanto, é possível que algumas chaves de mídia estejam iniciando alguns programas e possivelmente atrasem esse bloqueio. Em laptops, por exemplo, as teclas de mídia geralmente atuam em um nível inferior ao do sistema operacional, portanto, isso pode causar problemas.
Este é principalmente um palpite, é claro. Mas eu não vejo outra razão para isso acontecer.