Eu também encontrei o ubigraph e fiquei profundamente fascinado por ele. Infelizmente, sua licença dizia que você não poderia redistribuí-lo.
Inspirado por Ubigraph, passei os últimos dez anos juntando o fourd.js. Como o nome indica, ele é executado em javascript, ou seja, Node.js ou browser js. Grandes gráficos são manipulados dependendo das especificações da sua máquina, mas em uma boa máquina você pode exibir facilmente mil vértices.
Confira o FourDSocketProxy , que é executado como uma biblioteca do Node, abrindo uma janela do navegador.