Eu tenho que fazer coisas assim quando eu cruzar aplicativos de compilação. Se ./configure suportar, você pode verificar com --help, você pode fazer algo como o seguinte
./configure --extra-ldflags=-L/root/Installs/ffmpeg/forWin/usr/lib --extra-cflags=-I/root/Installs/ffmpeg/forWin/usr/include
Há uma entrada para bibliotecas e uma para includes, no entanto, há sempre a maneira antiga de apenas anexá-la antes de configurar ou fazer
LDFLAGS='-L/root/Installs/ffmpeg/forWin/usr/lib' CFLAGS='-I/root/Installs/ffmpeg/forWin/usr/include' ./configure
LDFLAGS='-L/root/Installs/ffmpeg/forWin/usr/lib' CFLAGS='-I/root/Installs/ffmpeg/forWin/usr/include' make
Para o make, acho que eles podem ser especificados antes ou depois, mas não me cite.