Execute o taskmgr.exe que vem com o Wine, ele permite que você defina a afinidade como no Windows:).
Não sei como defini-lo permanentemente ou automatizá-lo.
Possivelmente, a mesma API que o Windows usa para essa tarefa está presente no Wine, o que significa que uma ferramenta do Windows pode ser usada para essa tarefa.
Editar:
Eu encontrei uma ferramenta que faz exatamente isso:
Process -a name_of_exe 1
define a máscara de afinidade para o processador 0.
Process -a name_of_exe 11
define a máscara de afinidade para o processador 0 e 1.
... e assim por diante.
Veja também: