As cores dos terminais são determinadas pela aplicação do terminal. Só porque o Vim está pedindo a cor 4 (ANSI Blue) não significa que o Terminal tenha a mesma definição de RGB para cor ANSI 4 que o MacVim.
Você pode usar o utilitário TerminalColors de Mike Solomon para modificar as cores ANSI padrão no Terminal para que elas correspondam aqueles em MacVim.