Eu experimento precisamente os mesmos problemas com o Flash como você descreve aqui.
O motivo pelo qual sua CPU está diminuindo (apesar de o regulador estar definido como "performance") é que o Flash Player usa a renderização de software. Isso requer muita CPU.
Carregue um vídeo do YouTube e tenha, por exemplo htop
em execução em uma janela de terminal em segundo plano. No momento em que você clica em "Reproduzir", o uso da CPU aumenta. (Uma dica para o YouTube: ative o suporte a HTML5 (acesse link ); isso ajuda um pouco)
Agora, a sua pergunta real: o Adobe Flash Player é um software proprietário. Assim, não há muito que você possa fazer para depurá-lo.
A solução somente que encontrei funciona é a atualização para a versão mais recente do software que você usa (o Firefox 3.6 já é bastante antigo) e reinicia o navegador de tempos em tempos.